Kauno marių regioninis parkas įsteigtas Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos 1992 m. rugsėjo 24 d. siekiant išsaugoti unikalų Kauno marių tvenkinio kraštovaizdžio kompleksą, didžiąsias atodangas, užlietas Nemuno intakų žiotis, unikalų Pažaislio vienuolyno architektūrinį kompleksą, Kauno marių gamtinės ekosistemos stabilumą, biotos komponentus, ypač vertingą Gastilionių mišką su miegapelių populiacija bei kultūros paveldo vertybes, jas tvarkyti ir racionaliai naudoti.

Parkas apima dalį Kauno miesto, Kauno ir Kaišiadorių rajonų teritorijų.